Ook
de Slotkapel raakt tijdens de aanvallen in 1573 zwaar beschadigd. In 1633 wordt
de Slotkapel in opdracht van de Staten van Holland hersteld. Voor het herstel
werden door diverse steden, edelen en compagnieën uit die tijd schenkingen
gedaan, waaronder de fantastisch gebrandschilderde ramen. De Slotkapel
veranderde na de reformatie in een Nederlands Hervormde Kerk die de eeuwen
daarna de kerk in gebruik heeft gehad. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werden de
gebrandschilderde ramen in veiligheid gebracht en later weer teruggeplaatst. In
1960 is de Slotkapel in zodanig slechte staat, dat bij de gemeente al aan sloop
wordt gedacht want er is altijd wel behoefte aan plek voor woningen. Kunstenaar
Bob Denneboom luidt de noodklok en weet dan een aantal mensen te motiveren om
geld bijeen te brengen voor restauratie. Een van de ondersteuners is de in
Egmond zeer geliefde huisarts dokter Moons. Vanaf dan gaat het weer de goede
kant op met de kapel. In de jaren tachtig is opnieuw groot onderhoud
noodzakelijk en de Hervormde gemeente draagt het eigendom van de kerk voor één
gulden over aan de Stichting Restauratie Slotkapel. Dat brengt wel enige
verplichtingen met zich mee. In de kapel moet een boek zijn waarin de
inspanningen van een leger van vrijwilligers en donateurs zijn opgetekend. Zo
zijn er tal van kunstmanifestaties, lezingen en exposities geweest. Het is een
indrukwekkende lijst. Eind jaren negentig wordt ook de zerkenvloer aangepakt om
die voor de volgende eeuwen goed te houden. Penningmeester Cees Blaauboer aan
wie de kapel veel te danken heeft, brengt alle zerken in kaart en dan kan het
werk beginnen. De Slotkapel verandert in een reusachtige zandbak en bij de
werkzaamheden wordt een fantastische ontdekking gedaan: De deksteen van de
verdwenen graftombe van Jan II komt te voorschijn en krijgt een ereplaats in de
schitterend gerestaureerde kapel.